Η Μονάδα Εκπαίδευσης του ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε. δέχεται σχολικές επισκέψεις , ενημερώνοντας και εκπαιδεύοντας για ζητήματα σχετικά με τον πλούτο, τα προβλήματα αλλά και τις προοπτικές του θαλάσσιου περιβάλλοντος, των ποταμών και των λιμνών  τους μαθητές των σχολείων που επισκέπτονται τις εγκαταστάσεις του ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε. στην Αθήνα, και στην Κρήτη. Κατά τη διάρκεια αυτών των επισκέψεων, οι μαθητές διευρύνουν τις γνώσεις τους πάνω στο περιβάλλον, κατανοούν τη δομή και τη λειτουργία των υδάτινων οικοσυστημάτων και αντιλαμβάνονται τις πιέσεις που ασκούνται σε αυτά από τις ανθρώπινες παρεμβάσεις, μέσα από διαδραστικές και βιωματικές δραστηριότητες.

Τέλος, η Μονάδα Εκπαίδευσης προάγει την περιβαλλοντική ευαισθητοποίηση, παρέχοντας πληροφόρηση και πρακτική εξάσκηση σε θέματα φυσικής, βιολογίας, χημείας και γεωλογίας των θαλάσσιων και εσωτερικών υδάτων που σχετίζονται με την κλιματική αλλαγή, τους φυσικούς κινδύνους, τη ρύπανση, την πολιτιστική κληρονομιά και τους θαλάσσιους πόρους.

Ανάλογα με τη θεματική ενότητα, το πρόγραμμα μιας τυπικής επίσκεψης σχολείου αποτελείται από:

• Μια περιγραφική παρουσίαση της συγκεκριμένης θεματικής (συνήθως από κάποιον ερευνητή-ειδικό επιστήμονα)
• Διαδραστικά και βιωματικά εργαστήρια
• Επισκέψεις σε υποδομές και εξοπλισμό θαλάσσιας τεχνολογίας

Σήμερα η Μονάδα Εκπαίδευσης διαχειρίζεται επικαιροποιημένες θεματικές ενότητες που απευθύνονται σε μαθητές και δασκάλους της πρωτοβάθμιας και δευτεροβάθμιας εκπαίδευσης. Επιπλέον η Μονάδα Εκπαίδευσης κάνει γνωστές τις δραστηριότητες του ΕΛ.ΚΕ.Θ.Ε. στο ευρύτερο κοινό, συμμετέχοντας σε διάφορα ερευνητικά προγράμματα.